Se l'impianto è offerto come primo equipaggiamento, la garanzia dell'impianto a metano coincide con quella dell'auto. Per gli impianti aftermarket è prevista, come da normativa europea, una garanzia della durata minima di 24 mesi che assicura all’acquirente il ripristino gratuito per qualsiasi malfunzionamento dovuto a difetti di fabbricazione o usura precoce di uno o più componenti. I principali problemi legati alla garanzia si hanno con gli impianti installati in aftermarket poiché, in caso di malfunzionamento o guasto, può generarsi un contenzioso tra il venditore dell'auto e quello del kit a metano (custode della garanzia) sulle responsabilità dell'inconveniente.