La storia della casa coincide con quella di Horacio Pagani, argentino di origini italiane (il nonno paterno era piemontese) che nel 1982 prende la via di ritorno, direzione Modena, su consiglio dell'idolo di gioventù Juan Manuel Fangio. La gavetta passa per l'assunzione alla Lamborghini con qualifica di operaio metalmeccanico di terzo livello, l'affinamento delle proprie competenze per il lavoro nei team di progettazione della Countach Anniversary, della Diablo e della mai nata erede della Jalpa, rimasta alla sigla P140: prima come dipendente e poi come collaboratore esterno, dopo avere fondato nel 1988 la Pagani Composite Research.
Sul finire degli anni Ottanta, Pagani fa circolare i primi disegni di una granturismo, che vorrebbe chiamare Fangio F1 (il nome interno è C8): nel 1992 il primo prototipo è pronto, e i buoni uffici della leggenda Fangio presso la Mercedes assicurano a Pagani la fornitura di motori AMG. Nel 1995 il cinque volte iridato Juan Manuel Fangio muore, e Pagani per rispetto cambia il nome alla propria vettura, che ancora deve essere presentata: diventa così Zonda, un vento delle Ande secco e polveroso, simile al foehn delle nostre Alpi. La Zonda vede la luce al Salone di Ginevra del 1999: le linee ricordano le Gruppo C della stessa AMG; il motore è un 6.0 V12 che, nel 2000, con la versione S, diventa prima un 7.0 e poi un 7.3, con 558 CV di potenza. Le varie evoluzioni della Zonda portano a una potenza massima di 650 CV, e alla costruzione in circa 80 esemplari con carrozzeria coupé o roadster. La sua erede, la Huayra, è il modello che traghetta la casa modenese fino ai giorni nostri.